《枪娘》主要讲述的是失去战斗记忆的主角凯瑞寻找自我，并最终“觉醒”的故事。2025年至2030年之间，一场波及全人类的世界大战致使一半人口遭到毁灭，而人类已经无法控制战争的走向，为了夺取最后的胜利，犹如游戏般的无人战斗逐渐激化，战争已经变成：卫星镭射、无人机轰炸、智能AI、无人多炮塔坦克群之间的战场……然后，这里还有一群使用已经落后于时代的枪械进行战斗的少女——枪娘。时间回到过去。飞来地球的“智能的宇宙生命精神体”，为了躲避同类的追捕，跟附近的武器商人仓库里的“无机物”M4A1相融合。辗转之中，“M4A1”流落到某都市的军事宅少年手里，少女把“M4A1”拿回家，跟她说话，关爱她，小心的擦拭她，宇宙生命体再次开始活动。为了响应青年的感情，枪（宇宙生命体）自主的变身为美少女，青年管变为人形的枪叫“凯瑞”。然而，知道了凯瑞存在的几大国家，开始了凯瑞的捕获竞...
少年秦阳资质斐然，拥有令人艳羡的修炼神器“星门”，奈何这份幸运却在一夕间被人夺走。濒死时，秦阳体内尘封至宝“封神珠”开启，自此恢复前九世记忆，获得新生。同时，家族陷入前所未有的危机，面对重重考验，秦阳独当一面，凭借前九世积攒的经验和阅历，一次次突破困境。岂料，阴谋家们依然步步紧逼，为了守护珍视之人，秦阳选择抗争到底。
副会长四宫辉夜与学生会长白银御行在秀知院学园的学生会相遇，两名天才在历经了漫长的恋爱头脑战后，终于向对方表达了自己的心意，在“奉心祭”首度接吻。然而两人还是没有做出明确的告白，原以为就要成为恋人了，但却依然维持着暧昧关系，反而变得更加在意彼此，两人就这么迎向了圣诞节。“渴望变得完美”的白银，与追求他的“不完美”的辉夜，这是天才们极其“普通”的恋爱故事
