很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，
