《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。夏天结束后，新学期开始了许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…
阿波连玲奈是一个身材娇小，安静的女孩子，有点不太擅长把握与他人之间的距离。这让坐在隔壁座位的来堂同学，总觉得到有种距离感。有一天，来堂同学捡起了阿波连同学掉在地上的橡皮，以此为契机两人之间的距离开始急速接近！！“时而太远”“时而太近”，阿波连同学难以预测。迎来新学期后，这次连与转校生的距离也把握不好了！？在各种意义上“测不准”的紧贴系？青春爱情喜剧的大幕再次拉开！同学掉在地上的橡皮，以此为契机两人之间的距离开始急速接近！！“时而太远”“时而太近”，阿波连同学难以预测。
孤僻内向的刺猬少女苏叶，小时候和完美的男神郑树在学校里不打不相识。从此到高中为止苏叶身边唯一的朋友就是郑树。郑树对谁都微笑礼貌行为成熟，唯独在苏叶面前能展现出无理取闹极其幼稚的模样。 从小到大，苏叶和郑树的关系就像他们的名字一样联系紧密，大树和树叶，好像谁也离不开谁。这份从未被定义的关系，到了真正要定义的时候，反而变得复杂。 不知从何时开始，苏叶对这个朝夕相处的青梅竹马产生了不一样的感觉，两人之间原本熟悉的言语和动作竟令她心跳加速。 明明只是一起长大的朋友，却会因为他恰到好处的动作，羡慕亲吻他掌心的发丝；会因为他忧郁的眼神，嫉妒赖在他脸庞的阳光。然而在苏叶心中，郑树只是把她当成朋友。 喜欢一个人往往容易变得自卑，掩盖了很多事实真相。显而易见的是，郑树早在很久之前就喜欢苏叶了，面对她是那副独一无二的幼稚模样就是最好的证明。所幸这是一段没有错过的感情，故事的过程和结局都是甜的。
