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2015年，配以电脑为导航系统的赛车比赛-Cyber Formula，取代了F1（一级方程式）成为21世纪世界最高水平的赛车赛事。14岁的少年风见隼人在护送父亲生前设计的赛车“阿斯拉”（ASURADA）到日本富士冈赛车场途中受到不知名的攻击，危急之下被迫驾驶“阿斯拉”，却因此被系统记录为唯一赛车手，不得不与职业赛车手新条直辉、布里德•加贺、卡尔•里婿特•冯•兰德尔等人一起角逐新世纪的赛车冠军。一站站的赛车比赛，不仅有赛车手之间的竞争，更有与青梅竹马菅生明日香之间的羁绊，风见隼人从此展开了新世纪GPX史上最年轻的冠军传说。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
