击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，
在即将坠入深洲的危急关头，辛灵被“神秘人”救出，意外来到了荒石被封印的地方。而荒石却在战斗中身受重伤，元神消散。为了救回荒石，叶罗丽战士们也行动起来，前往奇幻的仙境，开启全新的冒险之旅。在拯救荒石的过程中，辛灵带领孩子一起怀揣勇气与希望，再度探寻爱与成长的真谛。
