在一个架空世界里，有一小群秘密存在着的“特殊能力者”，简称特能人。他们不会在普通人面前暴露自己，并通过一个自治组织——异控局，对各种特能造成的非自然事件进行管理，维护社会秩序。然而随着时间推移，特能人之间也出现了立场分化。有人想要守护和平维持平衡，有人想利用特能攫取私利。矛盾，一触即发。
百变校巴带领同学们到户外写生，期间，他们遇到了可爱的动物，神奇的自然现象，特别的建筑等，在探索自然的过程中小朋友激发出强大的想象力和创造力。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
曾折断无数同龄球儿之心的、日本第一的初中生投捕组合·清峰叶流火和要圭，面对来自全国74所名门高校的热情挖角，竟然悉数拒绝、从此销声匿迹……并且出现在一所普通到不能再普通、且没有棒球部的都立高校？背后的原因，竟然是因事故失忆的要圭？
