热血少年阳阳和表哥楷楷因为一枚神秘的戒指，意外来到一个处于大航海时代的异世，这里流传着一个关于五德宝石的神奇传说。相传只要集齐五德宝石就能打开一道神奇的时空之门，前往传说中的秘境——“元一之境”。那里有数之不尽的财富和强大无穷的力量…
传闻青冥山妖女苏晚嗜杀成性、作恶多端，正道盟少主沈清辞奉命下山除魔。可交手时，他却撞她救下稚童、对抗真凶的画面。一次次交锋，沈清辞发现所谓"妖女"竟是被污蔑的孤女，而正道盟高层才是阴谋的推手。当苏晚挥剑指向伪善者时，沈清辞毅然挡在她身前，对着满座正道高呼"妖女快住手有什么冲我来！"他以正道之名，护她一生周全。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
