陈默看见飞机上所有人的头顶都是“零”。四十分钟后，飞机坠毁。从那一天起，他和林晚开始用这双眼睛对抗死亡。他们扳倒过凶手，躲得过意外，却挡不住生老病死。直到自己的头顶也亮起“二”，才发现这世上还有一个人和他一样能看见死期——而那个人，正在策划一场只属于他们的归零。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
