在世界濒临神魔统治、各国相继沦陷之际，大夏守护神赢彻于决战中倒下。然而，死亡瞬间，他竟重生回十年前。带着前世记忆，赢彻决心改变历史，阻止即将到来的灾难，拯救人类免于奴役。这次，他将利用过往经验，预防那场几乎毁灭一切的危机，保护最后的净土。
时为公元2202年。自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
