伴随着魂导科技的进步，斗罗大陆上的人类征服了海洋，又发现了两片大陆。魂兽也随着人类魂师的猎杀走向消亡，沉睡无数年的魂兽之王在星斗大森林最后的净土苏醒，它要带领仅存的族人，向人类复仇！生活在斗罗大陆上的少年唐舞麟因为武魂是蓝银草，一直被嘲笑轻视。一次意外受伤中他发现：自己身体里面有一条由18道封印封禁的金龙，守护着自己的那缕神识告诉他，如果不逐步解开封印，自己将爆体而亡……
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
讲述的是三位主人公，6岁的康诺、艾玛亚和葛瑞，在白天的时候，他们就像普通小孩一样去上学。但当这个城市发生危险时，这群充满好奇心和正义感的孩子们便会在夜里穿上睡衣，并激活他们的动物护身符。神奇地变成动感超级英雄，猫小子、猫头鹰女和飞壁侠，成为睡衣小英雄。他们一起对抗罗米欧、月之女和夜幕忍者这群夜间坏人们，阻止他们一系列的破坏行为。
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