今鸟星，以国家为单位组成的庞大星球。大国之间常因争夺领土而开战。实力强大的厉国合虚合国开始争夺领土，厉国最强组织“刺”的成员——罗格格多（男主父亲）被指认为叛国者，导致罗格自幼和母亲备受欺侮，丧失立锥之地。在和同伴的斗争中被“刺”成员百鸟凰救下，并受百鸟凰指引进入世界上最混乱，最恐怖的恶人学院，进行修习历练，同时寻找世人口中父亲叛国的真相。而在恶人学院和拥有强大战灵的对手抗争中，罗格被激发出最神秘的黑色“战灵”却无法自控，后由落日学院副院长进行压制，然而罗格对自己体内的神秘...
明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……本片根据同名漫画改编。
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵 配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣 配音）的少女出现在他的眼前。祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一 配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜 配音）和鸫（竹达彩奈 配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知…
