《永恒国度》是一款以奇幻世界为背景的国度管理模拟游戏。玩家排行榜冠军、传奇玩家伊拉·拓人住院期间昏迷不醒。醒来后，他发现自己身处伊德拉吉亚大陆，一个如同游戏般真实的世界。在那里，他发现自己在《永恒国度》中最喜欢的角色“泥土·阿托”出现了。拓人做出了一个决定：“我们来建立自己的国家吧，一个只属于你我的王国。”拓人决定与阿托一起建立邪恶的国家“明诺格拉”。他拥有独特的黑暗精灵和英雄作为国民，在游戏中，他一边利用在这个世界里可以说是作弊的游戏系统，一边致力于自己喜欢的内政。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
