《萌宝战警》讲述了豆丁、可乐、可诺、石头四位天性正义善良的小朋友借助机甲武装的神奇力量，组成战队，在重重困难面前，众人齐心协力，善用科学，勇往直前，不畏艰险，用勇气与智慧战胜邪恶势力科学怪咖“铁算盘”，保卫家园小石城并寻找神秘失踪的豆瓣博士。
江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三 配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅 配音），同时，他也是最有希望成为道场继 承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望 配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。
在一片未知大陆上，有一座名为9号卫星城的城市，城中螺丝厂的螺丝扶正工芮梨在日复一日的枯燥工作中，逐步察觉到了这座城市的不真实。在神秘角色“Anull”的帮助下，芮梨获得了“换装”的超能力，并化身怪盗“天狼星”，为逃离这里秘密行动着。当世界的真相终于展现在自己眼前时，芮梨才发现，她真正的战斗才刚刚开始……
从另一个角度来体验斗破苍穹的故事，这一切仿佛让人感觉看了一部假斗破苍穹……
