习得一身本事的巫医嫡传孙大为下山入世，没有天大的抱负，只想家人健康快乐，自己能够治病救人赚点小钱，却没想到总有麻烦找上自己，面对尘世种种诱惑纠葛，且看一个胖子如何扮猪吃老虎，并将巫医发扬光大。
东京——『晓特区』。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
