你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
徐若婷是个穷困女大学生，为高薪应聘进神秘杂货铺，就此踏入灵异世界。老板袁天宗神秘强大，游走阴阳，以吞恶鬼镇压灾祸。
袁淮参加家族试炼，却在试炼中被恶人夺走修仙名额，母亲被害死，妹妹被掳走，自己更被打成重伤丢下山崖。在崖底濒死之时，遇到万年前被镇压在五指山下的孙悟空，获得机缘拜师后重获新生，逃出崖底为母报仇，又在孙悟空的帮助下踏入仙门，走上修仙救妹之路。
