ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
天外陨石引发全球海啸与红雾变异，海洋沦为吃人炼狱。幸存者林渊遭女友背叛、被“好兄弟”抛弃，却在绝境中觉醒SS级基因能力“机械主宰”，可拆解万物升级载具。他从破木筏起步，一路猎杀海兽、血洗海盗、解构沉船升级为导弹驱逐舰，以现代重火力碾压畸变怪物与异教徒。
