忍者神龟回来了！不过是电视剧。当神龟们被人类接受，并作为英雄进入高中时，他们现在面临着同时做两件事的压力。面对 1987 年电视剧中的原始反派，神龟们还必须与 Shredder 战斗。
林玄辞被困天渊百年，拒绝红裙姑娘结为道侣的提议，选择达成九个约定后出禁区，却修为尽废、灵根断裂。玄青宗因他魂灯重燃，由董问君带人寻回。回宗后，他道出师兄们的秘密自证未被夺舍，还得知昔日婚约对象柳舒瑶将与天玉宗联姻。东怡宫姚素素送礼解约遭拒，林玄辞见柳舒瑶后斩断因果。
故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。
乐小宇、福星、立夏三人和神勇等五只钶龙历经万险集齐了核晶碎片，但邪恶的奥米伽吸收...
