当今大凉，由穿越者组成的拓荒组试图推翻当权者，和朝廷僵持不下，皇帝的兵马在热兵器...
平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後講述了兩名以高超的武藝廣為人知的傭兵，亞修和羅瑟的故事
