前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
在现实中，坂本龙太（本乡奏多 配音）是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。金发碧眼的少女卑弥呼（三森铃子 配音），曾经的好友织田信隆（中村悠一 配音），狡猾残暴的今川义名（奈良辙 配音），有着双重人格的吉良康介（泽城美雪 配音），他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
距离人类移居到新的基地火星已经过了50年。这个时代中大多数的文化均由AI创造，人类只需要享受即可。有一位女孩，在首都阿尔巴市努力生活，在工作之余的空闲时间努力成为一名音乐家，她总觉得缺少些什么。她的名字是Carole。有一位女孩，出生在赫舍尔市的富裕家庭，她的梦想是成为 一名音乐家，但是周围却没有人能够理解她的想法，她觉得自己是全世界最孤独的人。她的名字是Tuesday。一个机遇促使两人相遇。她们希望歌唱。她们希望放声。如果是两个人一起的话，她们就觉得有机会能做到。她们也许只会掀起微小波澜，但这微小的波澜却可能会化作巨浪...
