《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
全集主角是一位憧憬山吹高中美术科，并以优异的成绩入学的少女由乃。因为家中离学校很远，而住在学校校门前的公寓“向阳庄”。住在隔壁的是同学年的同学宫子而在各自房间正下方的是学姐寻和沙英。因为同住在向阳庄而变得熟悉的不同性格的四人，每天都有着既奇怪又有趣的事情发生。
欢欢（笠原弘子 配音）是出生在仙子之国的小公主，在她满十二周岁那一年，全国上下举办了盛大的宴会为欢欢庆祝生日，而根据仙子之国的规定，欢欢必须离开自己的家乡前往人间修行。修行的内容很简单，就是在人间散播幸福的种子，彩虹谷的鲜花能够计算幸福的计量，当计量到达顶峰时，花朵变回转变成为美丽的彩虹色，欢欢才算通过了试炼。就这样，欢欢来到了人间，结识了温柔善良贤惠文静的小玉（玉川纱己子 配音）、拥有恐高症但是在危急时刻总能够做出正确的选择的小左（佐佐木望 配音）等人，他们和哈普姑妈（丸山裕子 配音）一起经营着幸福商店。
