《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
叶苍玄，举世无双炼体老祖，向诸神发起挑战。然而只差最后一步时，不幸在十万天劫中身毁陨落。数年后，叶苍玄再次苏醒，回到曾经的故乡，凡界沧州。两千六百多年未回，这里早已物是人非。
猫眼三姐妹是专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有猫眼三姐妹字样的卡片。被猫眼三姐妹所盗的美术作品都属于她们失散多年的父亲海因茨（一位著名的艺术收藏家）所拥有。犬鸣警察署刑警内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次因猫眼三姐妹逍遥法外而失败。来生瞳是内海俊夫的女友，经营一家同样名为“猫眼”的咖啡厅。内海俊夫却不知道，来生瞳即是猫眼三姐妹之一……
